Những người có tóc và da màu sậm thường là những người có hàm lượng melanin cao, do vậy mắt họ thường có màu nâu. Trong khi đó, những người có tóc và da màu sáng có hàm lượng melanin thấp và do vậy mắt thường có màu nhạt hơn. Điều này cũng giải thích nguyên nhân phần lớn mắt của trẻ sơ sinh sáng màu hơn so với người lớn, do hàm lượng melanin còn thấp.
Rất hiếm người có hai màu mắt, nhưng đối với động vật thì điều này là khá phổ biến, như ở ngựa, mèo và chó. Điều này có nguyên nhân từ sự biến đổi gene kiểm soát màu sắc. Mắt hai màu ở người có thể là một sự kế thừa sinh học tiêu biểu hoặc do những tổn thương trong sắc tố của mắt vì sử dụng thuốc.
